Описание:
Установка позволяет получить полное представление о геноме, траскриптоме и эпигеноме:
- создание высококачественных сборок геномной ДНК эукариот при независимом секвенировании (de novo);
- проведение обширных популяционных исследований (большие когорты) с определением структурных вариаций генома;
- чтение непроцессированных (первичных) транскриптов для характеристики разнообразия изоформ;
- выявление всех типов вариантов на соответствующих участках генома;
- одновременное выявление эпигенетических модификаций.
Установка предназначена исключительно для исследовательских нужд. Не использовать для диагностики.
Установка, основывается на использовании одномолекулярного секвенирования в реальном времени (SMRT) и позволяет осуществлять длинные прочтения (риды), обеспечивать высокую консенсусную точность и равномерность покрытия, а также получать эпигенетическую характеристику.
Особенности:
- ПО SMRT LINK:
- встроенная комплексная система управления всем процессом исследования: от размещения образцов до получения результатов;
- комплексный мониторинг в режиме реального времени;
- система управления данными и управление доступом пользователей.
- Простое в использовании аналитическое ПО:
- графический интерфейс пользователя и интерфейс с командной строкой;
- полнофункциональный интерфейс прикладных программ (API) для обеспечения легкой совместимости;
- использование стандартных промышленных форматов;
- постоянная разработка приложений в рамках интернет-сообщества PacBio DevNet.
- Расходные материалы для SMRT:
- полный цикл секвенирования в течение 24 ч;
- малозатратная масштабируемая технология проведения исследований;
- гибкие протоколы позволяют работать с различными видами образцов и размерами вставки;
- автоматическая работа с расходными материалами.
Особенности пользования системой:
- автоматическое отслеживание расходных материалов с интегрированным программным обеспечением;
- интуитивно-понятная настройка прогона и контроль хода выполнение исследования;
- гибкая настройка времени прогона – до 20 часов на каждую ячейку SMRT;
- время, в течение которого не требуется нахождение персонала у прибора, до 4 дней.
Эксплуатационные условия:
- электропитание: 208 – 240 В, переменный ток, 30 A, рекомендуется ИБП.
- рабочая температура: 19-25 °C (66,2 - 77 F) ± 2 °C/ч;
- влажность: 20-80%, образование конденсата не допускается;
- вентиляция: мощность системы отопления, вентиляции и кондиционирования воздуха 13 956 БТЕ (4 090 Вт);
- азот: 50 фунтов на кв. дюйм (psi)/ 2 585 тор/ мм. рт. ст.
Технические характеристики:
- объем данных 10 Гб со средней длиной прочтений 20 кб для проектов по секвенированию полного генома (геномной ДНК);
- объем данных 20 Гб со средней длиной прочтений 40 кб для проектов по секвенированию ампликонов и молекул РНК;
- консенсусная точность >99,999% (QV50*), причем полученные данные не содержат системных ошибок;
- эффективная технология секвенирования, требующая менее 24 часов;
- габариты (ШxГxВ): 36,5 x 34 x 66 дюймов, 92,7 x 86,4 x 167,6 см;
- масса: 780 фунтов (354 кг).
* Показатель качества QV = -10 х log10(p). Например, QV 20 – точность 99%, QV 30 – 99,9%, и QV 50 – 99,999%.