Бифторид аммония применяется в стекольной промышленности, для травления и полирования стеклянных и хрустальных, в черной и цветной металлургии, в теплоэнергетике для очистки от накипи и дезинфекции труб водяных бойлеров, систем подачи воды и генерации пара, в нефтяной отрасли, в химической промышленности, как антисептик (для сохранения кожи и древесины), для регулирования ферментации (вместо фтористоводородной кислоты), при крашении (как протрава).